Im Bollsteg bezieht die neu gegründete Sekundarschule mit 18 Knaben und einem Mädchen im Jahre 1859 für ein halbes Jahr ein Zimmer. 

Aufnahme aus dem Jahre 1909 (Festschrift zum 50-jährigen Jubiläum der Sekundarschule Affeltrangen) 

Schon ein halbes Jahr nach der Eröffnung der Sekundarschule zieht man in das neu gebaute Primarschlhaus gegenüber dem Freihof. Die Schülerzahl wächst hier bis auf 30 an. Erst nach Ermahnungen des Inspektors und des Regierungsrates erstellt die Primarschulgemeinde einen Anbau und überlässt den oberen Stock der Sekundarschule. Bis 1969 - 110 Jahre - gehen hier die Sekundarschüler ein und aus. Nachher beherbergt dieses Haus die Realschule. Über der Eingangstüre steht die Inschrift: «Gott zur Ehr - der Jugend zur Lehr». Das Haus wird im 21. Jahrhundert abgebrochen.

110 Jahre lang gehen die Sekundarschüler im Schulhaus gegenüber dem Freihof (später Blauer Aff) zur Schule. Im Parterre befindet sich das Zimmer der Primarschule. Erst 1954 (Bau des neuen Primarschulhauses an der Märwilerstrasse) belegt die Sekundarschule das ganze Haus. Diese Aufnahme stammt aus dem Jahr 1909 (Festschrift zum 50-jährigen Bestehen der Sekundarschule).

Diese Inschrift ziert das Sekundarschulhaus, in das die Sekundarschüler von 1859 bis 1969 zur Schule gehen.

Im Jahre 1968 beginnt man mit dem Bau des neuen Sekundarschulhauses, das 1969 bezogen und 1970 eingeweiht wird.